הפרעות במערכת הלימפטית עצמה או בניקוז הנוזל הלימפטי מהרקמות עלולות לגרום לבעיות רבות. מכיוון שהמערכת מגיעה כמעט לכל תא בגוף, היא יכולה לשמש כאמצעי תחבורה נוח לתאים סרטניים ולהפיץ אותם אל אזורים אחרים בגוף וכך לתרום ליצירת גרורות של הגידול הסרטני. בעיה נוספת היא ניקוז לא תקין של המערכת, מצב הנקרא Lymphedema (edema מלשון בצקת, כלומר בצקת לימפטית). המצב נפוץ יותר אצל נשים מאשר בגברים והגורמים לו הינם רבים ומרובים וכוללים בין השאר מחלה תורשתית (מחלה המועברת מההורים לצאצאים), פגיעה בכלי לימפה או קשר לימפה אליו הוא מחובר בזמן ניתוח (כמו לאחר כריתת שד), טיפול בקרינה לסרטנים שונים, גידולים החוסמים פיזית את דרכי הלימפה, זיהומים שונים (כמו זיהומים חוזרים ע"י חיידק סטרפטוקוקוס המביאים לפגיעה חוזרת ונשנית בכלי לימפה, מחלה טפילית הנפוצה בארצות עולם שלישי ושמה Filariasis ונגרמת ע"י טפיל החודר לכלי הלימפה וגדל בתוכם עד חסימה שלהם) ואפילו צלוליטיס. חסימות אלו גורמות ליצירת גפיים נפוחות ולעיתים ל"רגלי פיל" בהם נוכל לראות שינוי צבע עור, נפיחות ובצקת. במקרים ממושכים וקשים יותר יהיה ניתן לראות שינוי צורה של האזור המעורב, נוקשות והרס הרקמות באזור. האבחנה לגורם כוללת שיטות הדמיה נפוצות כגון אולטראסאונד, CT וMRI לימפוגרפיה ולימפוגרפיה איזוטופית בעזרתן ניתן לראות האם ישנה חסימה שגרמה למצב.
הטיפול כולל שמירה על ההיגיינה באזור המעורב כדי למנוע החמרה וזיהום בו, ניתן להשתמש באנטיביוטיקה לאותה מטרה. פעילות גופנית ועיסוי ידני או בעזרת מכשירים פנוימטיים כגון הלימפה-פרס ממריצים את הניקוז הלימפטי. בכל מקרה על מנת לשמור על הישגי טיפולים אלו יש להשתמש בחבישות לחץ או גרביים אלסטיות. יש לזכור שלא ניתן לרפא חולים אלו, אך ניתן לשמור על גפיים בגודל סביר באמצעים שתוארו לעיל.
